In Untereggen sind Politische-, Schul- und Katholische Kirchgemeinde Untereggen deckungsgleich mit dem Gemeindegebiet. Die evangelische Kirchgemeinde Untereggen gehört zur Kirchgemeinde Goldach, der kath. Gemeindeteil "Berg" gehört zur Kath. Kirchgemeinde Goldach.

Die Bürgerversammlung (ihr gehören alle in Untereggen wohnenden Stimmberechtigten an) ist wichtigster Entscheidungsträger in der Gemeinde. Sie wird jährlich mindestens einmal einberufen und entscheidet über Kredite, Jahresrechnungen, den Steuerfuss und andere wichtige Geschäfte.

Der Gemeinderat vollzieht die Beschlüsse der Gemeindeversammlung und entscheidet im Rahmen seiner Kompetenzen über die laufenden Geschäfte.

In der Politischen Gemeinde Untereggen gibt es keine Ortsparteien. Die Behördevertreter werden also nicht von Parteien, sondern in der Regel von einer Wahlkommission nominiert oder an einer öffentlichen Wählerversammlung vorgestellt.