Die Gemeinde Untereggen ist in zwei Kirchgemeinden aufgeteilt. Der Kath. Kirchgemeinde Region Rorschach gehört die unter Denkmalschutz gestellte Pfarrkirche im Vorderhof. Sie ist zugleich die grösste Kirchgemeinde auf dem Gebiet von Untereggen. Die evangelischen Kirchbürger aus Untereggen gehören zur evang. Kirchgemeinde Goldach.